Mange af scenerne er filmet i præcis den celle hvor John Wayne Gacy var fængslet. John Wayne Gacy var en amerikansk seriemorder. Stedet hvor serien bliver optaget, det gamle Joliet Fængsel, er kun 2 etager høj. For at kunne vise cellerne i 3 etager blev der bygget et studie. Stacy Keach (Henry Pope) har været 6 måneder i et britisk fængsel, hans rolle i Prison Break er bygget på manden der styrede det britiske fængsel. Personen "D.B. Cooper" i Prison Break er baseret på en virkelig person der i 1971, efter at have kapret et fly, afpressede 200.000 dollars fra ejeren, sprang ud af flyet med sedlerne bundet fast til hans krop. Han er aldrig blevet anholdt. I USA blev afsnit 13 og 14 sendt med en 4 måneders mellemrum, dette gav bagslag for producenterne da Lincolns henrettelse skulle finde sted i maj og pludselig sneede det. Robert Knepper (T-Bag) har fortalt at frisuren på hans rolle er baseret på en gammel fysik lærer han havde. Navnet på fængslet i serien, "Fox River", deler navnet med en flod (engelsk: river) der løber gennem Western Chicagoland i nærheden af stedet for serien bliver filmet Der var originalt bestilt 13 afsnit af serien, men pga. seriens store succes valgte man at lave en hel sæson I følge et interview med Rockmond Dunbar (C-Note) skulle "C-Note" kun have været med i de 2 første afsnit, men da serien blev udvidet til en hel sæson blev C-Note en fast del. I sidste afsnit af sæson 1 var det meningen at Dr. Sara Tancredi skulle være død af hendes overdosis, men da Sara var populær blandt seerne og da Robin Tunney gerne ville prøve noget andet blev det besluttet at holde Sara i live men dræve Veronica Donovan. Den elektriske stol bliver ikke brugt i staten Illinois hvor serien finder sted. Originalt skulle Lincoln henrettes ved brug af en sprøjte, men for spændnings skyld blev dette ændret til den elektriske stol. I øjeblikket bliver dødsstraf ikke brugt i staten Illinois. Serien er bandlyst i 13 amerikanske fængsler, da man frygter fangerne kan få gode ideer. At Wentworth Miller fik rollen som Michael Scofield blev besluttet i sidste øjeblik. Han startede 1 uge efter at have været til audition. Silas Weir Mitchell (Haywire) gik originalt til audition som T-Bag. Grunden til at David "Tweener" Apolskis skulle dø var at Lane Garrison ville forlade serien for at færdiggøre den kommende film Shooter.